Orgán auditu – Národný, regionálny alebo miestny verejný orgán alebo subjekt funkčne nezávislý od riadiaceho a certifikačného orgánu určený členským štátom pre každý operačný program a zodpovedný za overenie účinného fungovania systému riadenia a kontroly. V podmienkach Slovenska je orgánom auditu – Ministerstvo financií SR, ktorý koordinuje oblasť finančnej kontroly a vnútorného auditu.