Certifikačný orgán – Národný, regionálny alebo miestny verejný orgán alebo subjekt menovaný členským štátom za účelom certifikácie výkazov výdavkov a žiadostí o platbu predtým, ako sa zašlú Európskej komisii. Zákon o pomoci a podpore poskytovanej z fondov EÚ stanovuje, že v podmienkach Slovenskej republiky certifikačný orgán rovnako plní úlohu orgánu zodpovedného za koordináciu a usmerňovanie subjektov zapojených do systému finančného riadenia, vypracovanie žiadostí o platbu, príjem platieb z Európskej komisie, ako aj realizáciu platieb, pričom certifikačným orgánom je ministerstvo určené zákonom o finančnej kontrole a vnútornom audite a teda Ministerstvo financií SR. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje certifikačný orgán v mene Ministerstva financií SR ako klient Štátnej pokladnice.