Pomocné alebo akčné programy vytvorené ako doplnok k operáciám štrukturálneho fondu v určitých problémových oblastiach. Iniciatívy Spoločenstva navrhuje Európska komisia, pričom sú koordinované a implementované na úrovni jednotlivých štátov. Pohlcujú 5,35 % rozpočtu štrukturálnych fondov. Každá iniciatíva je financovaná len z jedného fondu.
- Program Interreg III podporuje cezhraničnú, nadnárodnú a medziregionálnu spoluprácu, napríklad vytváraním partnerstiev medzi rôznymi regiónmi, čo posilňuje vyrovnanosť rozvoja oblastí pozostávajúcich z viacerých regiónov (tento program je financovaný z fondu ERDF).
- Program Urban II sa orientuje na podporu inovatívnych stratégií pri regenerácii miest a upadajúcich mestských oblastí (tento program je financovaný z fondu ERDF).
- Program Leader+ sa zameriava na spoluprácu organizácií aktívnych vo vidieckych spoločenstvách a ekonomikách s cieľom vytvorenia nových miestnych stratégií udržateľného rozvoja (tento program je financovaný usmerňovacou sekciou fondu EAGGF).
- Program Equal je zameraný na odstraňovanie faktorov vedúcich k nerovnostiam a diskriminácii na trhu práce (tento program je financovaný z fondu ESF).