Samostatný účtovný systém subjektov zapojených do finančného riadenia a implementácie projektov štrukturálnych fondov (certifikačný orgán a platobná jednotka) pre účtovanie transakcií týkajúcich sa projektov pri dodržaní jednotného postupu účtovania, poskytovania výstupov z účtovníctva a spracovania údajov vyhovujúcich požiadavkám Európskej komisie a požiadavkám národnej legislatívy pre vedenie účtovníctva. Prostredníctvom systému ISUF je zabezpečovaný aj výkon platieb na úrovni certifikačného orgánu a platobných jednotiek.