V prípade ESF predstavuje národný projekt osobitný typ projektu, ktorý realizuje vybraný prijímateľ za účelom dosiahnutia cieľov v oblasti aktívnej politiky zamestnanosti a vzdelávania. V prípade ERDF sa pod národným projektom rozumie osobitný typ projektu realizovaný vybraným prijímateľom, ktorého cieľom je podpora rozvoja znalostnej ekonomiky so špeciálnym zreteľom na posilnenie výskumno-vývojových aktivít celoslovenského významu, resp. významu pre rozvoj príslušného regiónu.