Platobný orgán – Jeden alebo viaceré národné, regionálne alebo miestne orgány poverené členskými štátmi za účelom prípravy a predkladania žiadostí o platby a prijímania platieb z EK. Členský štát určí všetky podmienky svojho vzťahu s platobným orgánom a vzťahu platobného orgánu s EK. EK poukazuje platby príspevkov zo štrukturálnych fondov platobnému orgánu v súlade s príslušnými rozpočtovými prídelmi. Platobný orgán zabezpečí, že koneční prijímatelia dostanú platby čo najskôr a bez akejkoľvek zrážky, zadržiavania alebo zmeny. Platobným orgánom pre štrukturálne fondy a Kohézny fond je Ministerstvo financií SR.