Patria tu štyri základné princípy: koncentrácia, partnerstvo, programovanie, doplnkovosť. Pojem koncentrácia znamená snahu sústrediť prostriedky ES do regiónov a oblastí s najväčšími problémami. Partnerstvo zahŕňa úzku spoluprácu medzi EK a orgánmi na národnej, regionálnej a miestnej úrovni, ktoré sú určené každým členským štátom pre etapy prípravy a realizácie rozvojových programov. Programovanie znamená toľko, že prostriedky ES sú krajine pridelené na základe pripravených programov, ktoré členský štát predkladá EK. Doplnkovosť stanovuje, že prostriedky ES sú použité iba ako doplňujúce zdroje pri financovaní projektov. Teda členský štát pri financovaní projektov použije aj vlastné národné centrálne zdroje, národné regionálne a miestne zdroje, alebo súkromné zdroje.